Животноводство является самой важной отраслью производства в сельском хозяйстве, наибольшее значение здесь имеет молочное скотоводство. По состоянию на 31 декабря 2006 года в Эстонии было 245 тысяч голов крупного рогатого скота (в том числе 108,9 тысячи дойных коров) и 341,2 тысячи свиней, 61,5 тысячи овец и коз и 1 592,2 тысячи птиц. Человек получает от животных молоко, мясо, кожу и удобрение. Пособия в области животноводства направлены главным образом на занимающихся сельскохозяйственной деятельностью лиц, которые выращивают скот, подсосных коров либо овец и/или у которых имеется молочная квота. С помощью инвестиционных пособий можно строить и реконструировать здания для выращивания скота, свиней, овец, коз, лошадей или птиц, хранилища для кормов и приобретать необходимое оборудование.