Рыболовство всегда было в Эстонии важной областью деятельности и на прибрежных территориях, и на берегах внутренних водоемов, и в обслуживающих их регионах. Рыболовный сектор в Эстонии разделяется в основном на три более крупные области: рыбная ловля, рыбоводство и обработка и сбыт рыбы. Рыболовство распределяется на основании регионов лова: лов в Балтийском море (ловля тралом или прибрежная ловля), лов на внутренних водах и дальний лов. Большинство улова рыбы в Эстонии - из Балтийского моря. Существенное место занимает также улов дальнего лова, в основном из северной части Атлантического океана. Меньшую по объему, но ценную часть составляет улов рыбы из внутренних вод, главным образом из Чудского озера. В аквакультуре основными направлениями являются товарное рыбоводство, рыбоводство с целью распространения рыб в естественные водоемы и разведение раков. Из традиционных видов рыб в Эстонии сквозь времена выращивали радужную форель и карпа. Основными видами деятельности в обработке рыбы являются заморозка рыбы, филетирование, производство рыбных консервов и презервов, а также готовых блюд. Основным сырьем для рыбообрабатывающих предприятий в Эстонии являются местные виды рыб из Балтийского моря - салака и килька, а для филетировочных предприятий также рыбы пресных вод - окунь и судак. В 2007-2013 гг. эстонский рыболовный сектор можно поддержать из средств Европейского фонда развития рыбоводства на сумму 84,6 миллиона евро. Вместе с софинансированием со стороны Эстонского государства среднегодовая сумма поддержки составляет около 230 миллионов крон.